COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 2.899530 2.899530 2.641825
2020-09-19 17:00:00 2.695409 2.695409 2.638509
2020-09-18 17:00:00 3.177539 2.571024 2.635404
2020-09-17 17:00:00 2.537990 2.537990 2.640034
2020-09-16 17:00:00 2.498408 2.498408 2.624488
2020-09-15 17:00:00 2.433471 2.433471 2.611326
2020-09-14 17:00:00 3.164935 2.557233 2.578370

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 NaN NaN 2.035043
2020-09-19 17:00:00 NaN 0.000000 2.016410
2020-09-18 17:00:00 5.515832 5.515832 2.095981
2020-09-17 17:00:00 3.173077 3.173077 2.083033
2020-09-16 17:00:00 1.776900 1.776900 2.017622
2020-09-15 17:00:00 2.743902 2.743902 1.979572
2020-09-14 17:00:00 1.333333 0.109409 1.936658

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 1.834862 1.834862 0.861505
2020-09-19 17:00:00 0.473186 0.473186 0.846102
2020-09-18 17:00:00 0.000000 1.141553 0.830274
2020-09-17 17:00:00 0.857633 0.857633 0.822213
2020-09-16 17:00:00 0.938086 0.938086 0.883936
2020-09-15 17:00:00 1.006036 1.006036 0.902917
2020-09-14 17:00:00 0.000000 0.000000 0.884074

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 1.348039 1.348039 1.095117
2020-09-19 17:00:00 1.329787 1.329787 1.076002
2020-09-18 17:00:00 1.575689 1.575689 1.054743
2020-09-17 17:00:00 0.867209 0.867209 1.014567
2020-09-16 17:00:00 1.138406 1.138406 1.004042
2020-09-15 17:00:00 0.337553 0.337553 0.977275
2020-09-14 17:00:00 0.445104 0.199468 0.968310

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 2.856666 2.856666 3.012147
2020-09-19 17:00:00 2.941757 2.941757 2.964118
2020-09-18 17:00:00 3.086969 3.086969 2.894720
2020-09-17 17:00:00 2.821181 2.821181 2.875219
2020-09-16 17:00:00 3.846154 3.846154 2.877371
2020-09-15 17:00:00 4.046415 4.046415 2.836882
2020-09-14 17:00:00 4.164739 1.673018 2.902513

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 2.442132 2.442132 2.828574
2020-09-19 17:00:00 3.227372 3.227372 2.835894
2020-09-18 17:00:00 3.011448 3.011448 2.862190
2020-09-17 17:00:00 2.482510 2.482510 2.843028
2020-09-16 17:00:00 2.349291 2.349291 2.809210
2020-09-15 17:00:00 3.639010 3.639010 2.781559
2020-09-14 17:00:00 4.608128 2.820342 2.763515

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 3.455724 3.455724 3.401478
2020-09-19 17:00:00 3.008204 3.008204 3.469623
2020-09-18 17:00:00 3.979592 3.979592 3.473550
2020-09-17 17:00:00 4.659763 3.469388 3.533218
2020-09-16 17:00:00 2.061123 2.947154 3.582922
2020-09-15 17:00:00 2.587322 2.587322 3.578161
2020-09-14 17:00:00 0.886918 3.515215 3.544892

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 1.865672 1.865672 2.072768
2020-09-19 17:00:00 2.288303 2.288303 2.049341
2020-09-18 17:00:00 2.194928 2.194928 2.005412
2020-09-17 17:00:00 2.261935 2.261935 1.983490
2020-09-16 17:00:00 2.479339 1.932876 1.970061
2020-09-15 17:00:00 1.815095 1.815095 1.930315
2020-09-14 17:00:00 2.328573 2.328573 1.901697

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 7.841328 7.841328 5.087062
2020-09-19 17:00:00 5.394191 5.394191 5.222599
2020-09-18 17:00:00 8.263598 4.184100 5.243928
2020-09-17 17:00:00 3.490401 3.490401 5.397112
2020-09-16 17:00:00 4.649682 4.649682 5.392468
2020-09-15 17:00:00 10.078628 5.575411 5.391703
2020-09-14 17:00:00 12.172285 4.619758 5.402098

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 2.218017 2.218017 1.919730
2020-09-19 17:00:00 1.867650 1.867650 1.954949
2020-09-18 17:00:00 2.186219 2.186219 1.975905
2020-09-17 17:00:00 2.092642 2.092642 1.995799
2020-09-16 17:00:00 1.332998 1.332998 1.985284
2020-09-15 17:00:00 1.229394 1.229394 1.996492
2020-09-14 17:00:00 2.416860 2.049864 2.044634

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 3.365907 3.365907 3.389031
2020-09-19 17:00:00 3.418803 3.418803 3.384180
2020-09-18 17:00:00 3.329506 3.329506 3.460986
2020-09-17 17:00:00 3.767821 3.767821 3.536093
2020-09-16 17:00:00 5.033113 5.033113 3.505549
2020-09-15 17:00:00 1.902174 1.902174 3.462585
2020-09-14 17:00:00 5.000000 1.400382 3.353630

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 0.341297 0.341297 1.151594
2020-09-19 17:00:00 1.538462 1.538462 1.172162
2020-09-18 17:00:00 0.601202 1.073345 1.174731
2020-09-17 17:00:00 0.751880 0.751880 1.181613
2020-09-16 17:00:00 3.125000 3.125000 1.202062
2020-09-15 17:00:00 0.429185 0.429185 1.226865
2020-09-14 17:00:00 1.777778 1.777778 1.343741

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 2.906977 2.906977 2.719448
2020-09-19 17:00:00 1.995395 3.341902 2.771895
2020-09-18 17:00:00 7.171315 2.290837 2.883082
2020-09-17 17:00:00 1.607717 1.607717 2.957341
2020-09-16 17:00:00 1.840491 1.840491 2.991793
2020-09-15 17:00:00 4.740406 4.740406 2.990499
2020-09-14 17:00:00 1.666667 1.666667 2.957960

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 7.692308 3.589744 3.680932
2020-09-19 17:00:00 2.945114 2.945114 3.683772
2020-09-18 17:00:00 3.862661 3.862661 3.763169
2020-09-17 17:00:00 10.497238 3.038674 3.775835
2020-09-16 17:00:00 3.945746 3.945746 3.741894
2020-09-15 17:00:00 5.899705 5.899705 3.700327
2020-09-14 17:00:00 8.888889 8.888889 3.761295

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 2.391410 4.453533 4.118491
2020-09-19 17:00:00 3.907075 3.907075 4.129855
2020-09-18 17:00:00 6.293360 6.293360 4.051008
2020-09-17 17:00:00 2.937474 2.937474 4.000558
2020-09-16 17:00:00 4.804928 4.804928 3.963865
2020-09-15 17:00:00 2.846715 2.846715 3.831387
2020-09-14 17:00:00 3.434685 3.434685 3.739524

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 3.144654 3.144654 3.361533
2020-09-19 17:00:00 4.243615 4.243615 3.340244
2020-09-18 17:00:00 2.990388 2.990388 3.315253
2020-09-17 17:00:00 2.221439 2.221439 3.294440
2020-09-16 17:00:00 4.529464 4.529464 3.248755
2020-09-15 17:00:00 3.095723 3.095723 3.194485
2020-09-14 17:00:00 2.732975 2.732975 3.155359

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 6.666667 6.666667 3.669261
2020-09-19 17:00:00 3.172043 3.172043 3.606577
2020-09-18 17:00:00 4.417671 4.417671 3.551336
2020-09-17 17:00:00 3.089037 3.089037 3.532057
2020-09-16 17:00:00 1.764706 1.764706 3.529976
2020-09-15 17:00:00 2.599278 2.599278 3.537714
2020-09-14 17:00:00 5.056180 5.056180 3.603406

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 4.993543 4.993543 3.329713
2020-09-19 17:00:00 3.598972 3.598972 3.207688
2020-09-18 17:00:00 4.349939 3.574861 3.207461
2020-09-17 17:00:00 2.749141 2.749141 3.207702
2020-09-16 17:00:00 2.419355 2.419355 3.151937
2020-09-15 17:00:00 2.637890 2.637890 3.101894
2020-09-14 17:00:00 4.689755 4.689755 3.090163

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 2.739981 2.739981 2.004623
2020-09-19 17:00:00 2.396113 2.396113 2.023943
2020-09-18 17:00:00 1.793153 1.793153 2.049099
2020-09-17 17:00:00 2.306202 2.306202 2.031484
2020-09-16 17:00:00 1.933820 1.933820 2.007481
2020-09-15 17:00:00 1.416235 0.820328 1.981214
2020-09-14 17:00:00 2.549697 1.195300 1.965088

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 3.529412 2.524987 2.167288
2020-09-19 17:00:00 3.316062 2.279793 2.224024
2020-09-18 17:00:00 2.156057 2.156057 2.203335
2020-09-17 17:00:00 2.291667 2.291667 2.206721
2020-09-16 17:00:00 1.806589 1.806589 2.265900
2020-09-15 17:00:00 2.226721 2.226721 2.214293
2020-09-14 17:00:00 3.821656 1.262493 2.188248

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 3.000000 3.000000 3.461555
2020-09-19 17:00:00 0.000000 0.000000 3.385341
2020-09-18 17:00:00 16.326531 16.326531 3.492718
2020-09-17 17:00:00 0.578035 1.282051 3.313914
2020-09-16 17:00:00 1.351351 1.351351 3.134762
2020-09-15 17:00:00 3.092784 3.092784 3.209190
2020-09-14 17:00:00 14.285714 14.285714 2.983867

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-20 17:00:00 4.336927 4.336927 3.381408
2020-09-19 17:00:00 3.213545 3.213545 3.327748
2020-09-18 17:00:00 4.079740 4.079740 3.286121
2020-09-17 17:00:00 2.625241 2.625241 3.258733
2020-09-16 17:00:00 2.669577 3.686102 3.180715
2020-09-15 17:00:00 3.418549 3.418549 3.111649
2020-09-14 17:00:00 2.763819 1.275067 3.078080

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo NaN NaN 2.035043
Basilicata 1.834862 1.834862 0.861505
Calabria 1.348039 1.348039 1.095117
Campania 2.856666 2.856666 3.012147
Emilia-Romagna 2.442132 2.442132 2.828574
Friuli Venezia Giulia 3.455724 3.455724 3.401478
Lazio 1.865672 1.865672 2.072768
Liguria 7.841328 7.841328 5.087062
Lombardia 2.218017 2.218017 1.919730
Marche 3.365907 3.365907 3.389031
Molise 0.341297 0.341297 1.151594
P.A. Bolzano 2.906977 2.906977 2.719448
P.A. Trento 7.692308 3.589744 3.680932
Piemonte 2.391410 4.453533 4.118491
Puglia 3.144654 3.144654 3.361533
Sardegna 6.666667 6.666667 3.669261
Sicilia 4.993543 4.993543 3.329713
Toscana 2.739981 2.739981 2.004623
Umbria 3.529412 2.524987 2.167288
Valle d'Aosta 3.000000 3.000000 3.461555
Veneto 4.336927 4.336927 3.381408
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Sun Sep 20 17:33:42 2020 revision 25, 53c6e6e